Les interventions du CILSS sont portées par les cinq (5) programmes régionaux d’appui suivants:

Programme Régional d’Appui Maîtrise de l’Eau (PRA/ME)
Programme Régional d’Appui (PRA/Marchés)
PRA- Population Genre et Développement (PRA/PGD)
PRA – Gestion des Ressources Naturelles et Changement Climatique (PRA/GRN/CC)
PRA – Sécurité Alimentaire et Nutritionnelle (PRA/SAN)