Le CILSS est localisé dans trois pays:
1) Secrétariat Exécutif (situé à Ouagadagou, Burkina Faso)
2) Institut du Sahel (Institution spécialisée basée à Bamako au Mali)
3) AGRHYMET CCR-AOS, Centre Climatique Régional Afrique de l’Ouest et Sahel (Institution spécialisée basée à Niamey au Niger)